Od początków XIX wieku drewno z tych terenów było przeznaczane głównie na potrzeby silnie wówczas rozwijającego się przemysłu. Pierwotne lasy sudeckie zostały przekształcone w lite lasy świerkowe w większości obcego pochodzenia. Okazały się one mało odporne na lokalne warunki klimatyczne.W omawianych nadleśnictwach do roku 1953 gospodarka leśna polegała głównie na porządkowaniu stanu sanitarnego lasu.
W obecnym kształcie Nadleśnictwo Zdroje istnieje od 16 września 1993 r., kiedy z najcenniejszych przyrodniczo obszarów nadleśnictwa utworzony został Park Narodowy Gór Stołowych.
Do końca II wojny światowej obszar nadleśnictwa znajdował się w granicach państwa niemieckiego. Po roku 1945 na podstawie ustawy o upaństwowieniu lasów innej własności, lasy obecnego Nadleśnictwa Zdroje, weszły głównie w skład utworzonych wówczas nadleśnictw Duszniki oraz Polanica (Szczytna). W roku 1959 do Nadleśnictwa Duszniki przyłączono część lasów nadleśnictwa Szczytna, do Nadleśnictwa Szczytna przyłączono lasy miasta Radków. W 1973 r. Nadleśnictwo Duszniki powiększyło się o częśc lasów nadleśnictw Pokrzywno i Kłodzko. W większości, w omawianych lasach gospodarkę prowadzono na podstawie planów urządzenia  lasu, za wyjątkiem drobnych kompleksów przejmowanych stopniowo od różnych właścicieli.
W 1993 r. prawie wszystkie grunty obrębu Polanica (w 1945 r. nadleśnictwo o nazwie Karolewo, następnie Karłów i Szczytna) zostały przekazane na rzecz utworzonego Parku Narodowego Gór Stołowych. Powierzchnia całego nadleśnictwa, od 1985 r. przemianowanego na nazwę Nadleśnictwo Zdroje z siedzibą w Szczytnej zmniejszyła się o 1/3. W tej sytuacji została podjęta decyzja o likwidacji obrębu Polanica i włączeniu go do obrębu Duszniki.
W nadleśnictwie o kolejnych nazwach Karolewo, Karłów i Szczytna (późniejszy obręb Polanica w nadleśnictwie Zdroje) nadleśniczym był od 28.01.1946 do 31.12.1946 r. Kazimierz Klimowicz, absolwent Politechniki Lwowskiej, więzień Oświęcimia.
W Nadleśnictwie Duszniki, obecnie obrębie w Nadleśnictwie Zdroje, pierwszym nadleśniczym w latach 1945-31.01.1946 r. był Władysław Nowobilski.

Poznaj historię Lasów Państwowych – pobierz książkę „Znaki czasu. Wczoraj i dziś Lasów Państwowych"